高雄醫學院成立於民國四十三年，為南台灣第一所醫學院校。為了發展公共衛生，提供醫學系學生公共衛生教學與社區醫學實習，本校於民國四十六年設立醫學系公共衛生學科。聘請台灣省公共衛生學實驗室許子秋教授擔任第一任科主任，負責各項教學規劃與研究工作。其間，公衛科穩定發展傳染病防治與工業衛生研究，奠立高醫良好的公共衛生基礎。為了完整建立公共衛生之教學與研究系統，本校於民國七十五年八月一日，成立公共衛生學系，培育優秀的公共衛生人才，發揮所學，貢獻於群眾健康之維護。

由於社會快速變遷，經濟迅速成長，醫療保健需求日增，加上環境污染、職業病以及工業衛生問題日趨嚴重，使得公共衛生面臨多面向的挑戰。為了因應與解決層出不窮的健康問題，本校於民國七十九年八月一日成立公共衛生學研究所碩士班。近年來台灣的經濟與工業急速發展，引發因工作而產生的職業病爭議，增加工業安全與衛生問題，亦引起鄰近工業區之環境公害與疾病發生之爭論。為了解決上述問題，本校繼工業衛生研究中心、職業病防治示範中心以及毒藥物諮詢檢驗中心之後，於民國八十五年一月廿三日成立職業安全衛生研究所碩士班，從事工業衛生、職業病以及環境危害等研究工作。同時提供地方工業安全從業人員與事業單位工業安全管理人員之研究進修管道，培育職業安全衛生專業人才。此外，配合重視勞工安全與衛生之權益的世界潮流，培育職業安全衛生獨立研究之高級專才，本校於民國九十三年八月一日成立職業安全衛生研究所博士班。

民國九十六年八月一日，本校為了有效運用系所資源，加強院系發展，完成公共衛生學系與公共衛生學研究所碩士班之系所合一。此外，為了整合公共衛生學系與職業安全衛生研究所之資源，擴大教學、研究、輔導與服務之規模，提供南台灣公共衛生之學士、碩士與博士連貫完整的養成教育，本校於民國一百年八月一日，合併公衛系與職安所為包含公共衛生學學士班、公共衛生學碩士班、職業安全衛生碩士班以及環境暨職業安全衛生博士班之公共衛生學系。